Il cambiamento climatico rappresenta una minaccia significativa per le megattere, poiché il riscaldamento delle acque potrebbe costringerle ad allontanarsi dai loro tradizionali luoghi di riproduzione. Le megattere compiono le migrazioni più lunghe di qualsiasi mammifero sul pianeta. Una delle rotte più attentamente osservate si estende per 4.830 km, dall'Alaska alle isole Hawaii. Queste balene speciali partoriscono a temperature dell'acqua comprese tra 21 e 28 °C, il che è ideale per i cuccioli che non hanno tanto grasso quanto le balene adulte.

Gli scienziati avvertono che le megattere potrebbero essere costrette a deviare dalla rotta. Entro la fine di questo secolo, le crescenti emissioni di gas serra metteranno diverse aree di riproduzione negli emisferi della Terra al di fuori della tolleranza alla temperatura dei giganti del mare, secondo uno studio del 2022 dell'Università delle Hawaii in collaborazione con la Pacific Whale Foundation. L’autrice della ricerca, Hannah von Hammerstein, ipotizza che circa il 37% delle aree di riproduzione delle megattere in tutto il mondo avrebbe temperature superiori al limite massimo di 28 °C  entro la fine del secolo, se verranno adottate politiche ambiantali. Se le nostre emissioni di combustibili fossili, invece, non vengono controllate e ridotte, l' esperta prevede che tali cifre saliranno al 67% delle aree di riproduzione delle megattere.

Le ripercussioni della perdita dei loro luoghi di riproduzione preferiti a causa del riscaldamento degli oceani sarebbero profonde, interrompendo i loro modelli riproduttivi e la crescita complessiva della popolazione. A questo si deve aggiungere che il riscaldamento delle acque potrebbe causare scarsità di cibo e diffusione di fioriture algali dannose. E non è tutto. Le megattere mangiano krill, filtrando enormi volumi di acqua oceanica attraverso le loro placche di fanoni (i lunghi peli flessibili che crescono dalla loro bocca al posto dei denti). In preparazione alla migrazione, consumano diverse tonnellate di krill al giorno. Tuttavia, le popolazioni di krill sono diminuite di circa l' 80% dagli anni '70 , a causa di una riduzione del ghiaccio marino causata dall'aumento delle temperature del mare. Tali alterazioni possono avere effetti a cascata lungo tutta la catena alimentare, compromettendo ulteriormente la salute e la sopravvivenza di questa balena e di altre forme di vita marina.

Proteggere le aree di riproduzione e alimentazione delle megattere è di fondamentale importanza per la loro sopravvivenza a lungo termine e per gli sforzi di conservazione. Gli autori dello studio raccomandano di istituire aree protette. Alcune piccole specie marine possono adattarsi fisicamente al cambiamento di temperatura e rimanere nei loro attuali areali geografici, i grandi mammiferi longevi come le megattere probabilmente non saranno in grado di adattarsi in tempo.